Подготовка специалистов по направлению «Педиатрическое дело» берет начало с 1990 года при КГУ, первый прием составил 100 студентов. С 1996 года набор на обучение по ОП был осуществлен на основании результатов тестовых экзаменов Государственного центра тестирования (ГЦТ). Срок обучения по ОП 6 лет. В 2019 году ОП по направлению «Педиатрическое дело» успешно прошла государственную аккредитацию (свидетельство о государственной аккредитации №ОТ5000011, выдано 23 октября 2019 г.), Государственной инспекцией по надзору за качеством образования при Кабинете Министров РУз.
    Подготовку и выпуск бакалавров по направлению «Педиатрическое дело» ведут выпускающие кафедры 2-факультета. По направлению 5510200, 60910300«Педиатрическое дело» присваивается академическая степень – врач общий педиатр. Подготовка ведётся согласно утвержденной ОП указанного направления, разработанной в соответствии с требованиями Государственного стандарта высшего образования (ГОС) по направлению педиатрическое дело.
       Контингент обучающихся по направлению «Педиатрическое дело» по своему составу интернациональный. По направлению «педиатрическое дело» обучаются всего 666   студентов 1 — 6 курсов. На 1 курсе — 128 человек, на 2 курсе — 125 , на 3 курсе — 158, на 4 курсе — 122, на 5 курсе — 75, на 6 курсе — 58 человек. На направлении Педиатрическое дело обучаются студенты из ближнего зарубежья (Туркменистан, Казахстан). Обучение ведётся на трёх языках: каракалпакском, узбекском и русском. Форма обучения очная, дневная.  На факультете имеется 18 кафедр, на которых осуществляется учебная, научная и лечебная деятельность. 219 преподавателей, из них 22 докторов наук, из них 12 профессоров, 8 доцентов, 46 кандидатов наук, из них 18 доцентов, 5 старших преподавателей и 151 ассистентов. Учебно-вспомогательный и обслуживающий персонал составляет 7 человек. 47 преподавателей сертифицированы на знание иностранных языков (С1, В2, В1). Клиника МИК и 22 лечебно-профилактических учреждений Республики Каракалпакстан являются клиническими базами (РДМЦ, НФ РНЦЭМП,  Республиканский психо-неврологический диспансер №1, РСНПМЦ здоровья матери и ребёнка, КР филиал РСНПМЦ дерматовенерологии и косметологии, детская инфекционная больница РК, Каракалпакский филиал РСНПМЦ Онкологии и радиологии, поликлиники, в том числе 2 частных медицинских клиники  и др.) института, где студенты закрепляют свои теоретические знания и осваивают практические навыки.
      Это создает условия для интеграции медицинского образования, науки и практики. В 1996 году был произведён первый выпуск 153 студента факультета «Педиатрическое дело».